本书中的新世界，世界观大体分为神秘侧与科学侧两大阵营。

然而两大阵营并非完全对立的存在——当这个世界中的人类面临着共同的威胁时，其团结与凝聚会让所有企图侵略奴役他们的敌人感到震撼。

新世界ad1999年所发生的一切就是最好的写照，面对接踵而至的无数灭世危机，神秘侧与科学侧携手合作，共同进退，使面临毁灭的人类焕发了新生。然而，在这来之不易的和平时期，属于人类内心的黑暗，似乎又开始了不安的涌动......

——神秘侧：

“魔法少女议会”：ad1932，由当时最为强大的十三位构成的组织，目的为反抗孵化者以及其制造的魔女。

组织的每一位成员都为在当时某一领域的巅峰之人——某一国的领袖，军界、政界要人，科学家等等，可以说是集合了人类中的精英。所有成员都已经知晓了魔法少女与魔女的真实，因此决意从孵化者的手中拯救人类。

可惜的是，由于孵化者暗中的挑拨，组织内部出现了背叛者。议会陷入了第二次世界大战的泥潭之中，曾经的同伴划分阵营，互相猜忌甚至杀戮使议会分崩离析。等到人们醒悟之时，“议会”仅存的成员为席德拉（希特勒）、席德林（斯大林）、达姿、朱莉、妮娜五人。

然而ad1945，在广岛、长崎与的战斗中，由于孵化者的操控，身为议会领袖，最为强大的二人——席德拉、席德林在那里相继陨落，议会随之完全解体。

——神秘侧“三极”：

1.神圣光明同盟（罗马正教/俄罗斯成教）：神秘侧中最为庞大的组织，总部为意大利梵蒂冈。

最初为人类对抗（参考词条），由教会为主体构成的同盟，有着无数的魔法师战斗员，甚至圣人坐镇。而在期间，三教精锐所构成的战斗组织，其成员才为神秘侧真正的巅峰战力。人类成功击败长生种，并迫使其退守西伯利亚的异空间内。

同盟现在明面的最高领导者为罗马教皇马太.利斯，事实上教皇本人却为“神之右席”所掌控。

罗马正教在世界上拥有20亿信徒，在113国拥有教会，是世界最大十字教教派，自称为最正统的十字教教派。亦是神圣同盟的核心。现在，在神之右席的操控之下，同盟的大部分成员对科学侧存有强烈的敌视。不过，教会中也有着想要借助科学力量的革新派存在。

俄罗斯成教位于俄罗斯的十字教分支，专长幽灵狩猎的教会组织，目前也在监视着在西伯利亚异空间内的。最高领袖是至高主教克兰斯·r·图阿鲁斯基。

2.英国清教：英国清教是位于英国的十字教分支，英国的国教，英国三大派系中的“清教派”。内部派系林立，势力复杂，表面上最高领导者是英国女王，但实际上的领导者是最大主教萝拉·斯图亚特。

总部设在伦敦的圣乔治大教堂。其核心是英国清教下属“第零圣堂区”的必要之恶教会。本为神圣光明同盟的一员，后来因为政治与观念等原因而退出。

3.

——科学侧：

——科学侧“三极”：

1.sc基金会：

全称secial_containment_rocedures_foundation，组织隐秘地运作于全球，sc基金会受各个主要国家政府的授权和委托，且其本身运作不受司法管辖权干扰，目标为收容“有异常特质的生物及物品”。许多这些“生物”或“物品”既可对人产生物理危险，又可对世界范围的人群产生心理影响，动摇他们的个人信念，干扰他们的日常生活。(：／／.）。

目标为寻找超自然事物并基于其原理发展新科技，收容有潜在威胁的事物。发展安全措施来应对未来出现的危险事物。观察，扣留，收容任何阻止其完成上述目标的人或事物。

同时，是没有人知道它到底在什么时候，被什么人所建立，甚至总部又在哪里的谜之组织。被称作的成员，活跃在世界各地，秘密地处决对人类危害存在。

2.学园都市：由统括理事长亚雷斯塔.克劳利建立,占据东京都西部三分之一的都市，科学势力的代表。

都市中居住着230万人，其中八成（180万）以上是学生。拥有世界上最尖端的科技，一般认为领先外界约30年。

是一个由二十三个学区构成的巨大的教育机构的集合体，以发掘超能力而提供特殊的教育课程，主要靠从外部招收学生。除了教育机构，还有面向学生研究设施，生产、商业设施，国际展示场，国际机场等等在都市内生活的所需要的生活设施都齐备。都市由统括理事会全权管理，由于技术、研究多数都是高度机密事项，学园都市内的警戒体制非常严格，对人员进出有严格的限制。都市不存在警察，取而代之的是从学生中挑选出的风纪委员（judgement）和教师自愿参与的警备员（anti－skill）维护治安，甚至可以组织成军队。名义上是日本一部分，实际上几乎是国中国。


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